A XVII. század első felében épült templom szintén a jezsuita rend kezdeményezésére épült. A Baccio del Bianconak tulajdonított tervek alapján Bartolomeo és fia, Giacomo Torre építőmesterek kivitelezték.

A gimnázium és a rendház közé ékelt egyhajós templom a római jezsuita anyatemplom, az Il Gesù mintájára készült. A homlokzaton a felirat arról árulkodik, hogy a Szűzanyának és a jezsuita rend alapítójának, Szent Ignácnak szentelték, az 1641-es évszám pedig a felépítés befejezésének évére utal.

A templom belseje a hazai korai barokk építészet ritka példája, melyből csak részletek maradtak ránk a későbbi nagyszabású átalakítások miatt. Ilyenek az 1662-re elkészült kápolnafülkék stukkódíszítései és freskói. A három-három kis fülke közül talán a középsők a legérdekesebbek: a baloldali Palermói Szent Rozália kápolnája, a vele szemben lévőben pedig a XVII. századi Győr és Pannonhalma képe látható.

E nagy átépítés során, 1721-ben nyerte el mai alakját a homlokzat és a torony két frissen restaurált sisakja a harangokkal, melyek közül a harminchárom mázsás Szent Benedek harang élte csak túl a századok viharait.

Az 1740-es években alakult ki a templombelső, ahogyan ma láthatjuk: ekkor készültek a mennyezeti freskók, a főoltár, a bútorzat. A kivitelezők győri és bécsi mesterek voltak, a főoltár szobrait Joseph Rössler bécsi szobrász faragta.

A főoltár Szent Ignácot ábrázoló festménye és a mennyezeti freskók Paul Troger keze munkái, a pazar kivitelű szószék a pozsonyi Gode Lajos műve. Sajnos a névtelenségbe vesznek azok a mesterek, akik a padokon és ajtókon látható csodálatos faragványokat készítették.

Az 1757-ből származó orgona a győri orgonaépítő mester, Burghardt Gáspár munkája volt. Jelenleg új orgona készül a templom számára, hogy újra életre kelhessen a pompás hangversenyek tradíciója, melyek a barokk időkben a város legfontosabb kulturális eseményei közé számítottak.