Der Bau der Kirche in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts geht ebenfalls auf die Jesuiten zurück. Die Pläne werden Baccio del Bianco zugeschrieben, die Baumeister waren Bartolomeo Torre und sein Sohn Giacomo.

Die zwischen dem Gymnasium und dem Ordenshaus stehende Kirche wurde nach dem Muster der Mutterkirche der Jesuiten in Rom, der Il Gesù, gebaut. Die Aufschrift auf der Fassade besagt, dass sie der Heiligen Jungfrau und dem Begründer des Jesuitenordens, dem Heiligen Ignatius, geweiht ist. Die Zahl 1641 hingegen verweist auf das Jahr ihrer Fertigstellung.

Das Kircheninnere ist ein seltenes Beispiel für die ungarische Baukunst des Frühbarock. Wegen der späteren umfangreichen Umbauten sind davon nur noch Teile erhalten. Dazu gehören die Stuckverzierungen und Fresken der 1662 entstandenen Kapellennischen. Von den jeweils drei Nischen sind vielleicht die mittleren am interessantesten: links befindet sich die Kapelle der Heiligen Rosalia von Palermo, in der Kapelle gegenüber ist das Bild von Győr und Pannonhalma im 17. Jahrhundert zu sehen.

Während des großen Umbaus 1721 erhielten die Fassade und die beiden frisch restaurierten Kuppeln der Türme mit den Glocken ihre heutige Form. Die Stürme der Jahrhunderte überlebte nur die 33 Zentner schwere Glocke des Heiligen Benedikt.

Das heute zu sehende Kircheninnere – die Deckenfresken, der Hauptaltar, die Einrichtung – entstand in den 1740-er Jahren. Gestaltet wurde es von Győrer und Wiener Meistern. Die Figuren des Hauptaltars schuf der Wiener Bildhauer Joseph Rössler.

Das den Heiligen Ignatius darstellende Gemälde des Hauptaltars und die Deckenfresken sind Werke von Paul Troger, die prunkvolle Kanzel ist das Werk von Lajos Gode aus Bratislava. Leider sind die Namen der Meister, die die wundervollen Schnitzereien auf den Bänken und Türen anfertigten, nicht bekannt.

Die aus dem Jahr 1757 stammende Orgel war die Arbeit des Győrer Orgelbaumeisters Gáspár Burkhardt. Gegenwärtig ist eine neue Orgel für die Kirche in Arbeit, damit die Tradition der wunderbaren Konzerte wieder aufleben kann, die in der Barockzeit zu den wichtigsten kulturellen Ereignissen der Stadt gehörten.