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Im Jahr 1654 von Jesuitenbrüdern gegründet, ist die Zierde der Apotheke ein Tresor, der mit Stuck und Bildern verziert ist. In den Schränken finden wir antike Apothekengeschirre und andere Kuriositäten aus der medizinischen Geschichte ausgestellt, während das Museum auch ein gastrointestinales Nähsystem (auch bekannt als Magenklammergerät) zeigt, die Erfindung des weltbekannten in Győr geborenen Arztes Aladár Petz. Das Széchényi-Apothekenmuseum ist das einzige Museum im Land, das auch als moderne Apotheke fungiert.