A Boldogasszony-kápolnát, alatta a kriptával, Göncz Celesztin főapát kezdi el építtetni 1714-ben. Ő lesz, akit később elsőként temetnek el itt, a szerzetesek végső nyugvóhelyén. A kápolna eredetileg az apátság közelében élő nem magyar anyanyelvű lakosság plébániatemploma volt. A szép barokk berendezést Sajghó Benedek főapátsága idején alakították ki (1722–1768). Bent három oltár és egy 18. századi kis orgona található, a szószék klasszicista stílusú. Az épületet 1865-ben romantikus stílusban megújították, ekkor készült falainak és kapuzatának tagolása és díszítése. A templom alatti dongaboltozatos kripta mindmáig a szerzetesek temetkezőhelye.

A Boldogasszony-kápolnába csak különleges alkalmakon – tematikus séták, hangverseny – van lehetőség bemenni.